薬学研究科には、薬学専攻、医療薬学コースおよびがん専門薬剤師養成コースを設置しています。
薬学専攻の特色は、人の生命に直結する医薬品の創製・開発に携わり、幅広い教養とともに、生命、医療に対する高い倫理観をもち、豊かな人間性を備えた社会に信頼される人材の養成目標としています。
医療薬学コースの特色は、医療薬学コース関連科目から単位取得後、6カ月以上の病院実務研修（主に医学部附属病院）を義務づけていることであります。
がん専門薬剤師養成コースの特色は、薬学・医学・看護学・理工学部が連携し、学部・大学院・病院が調和のとれたがん医療教育を行うことにあります。
薬学専攻およびがん専門薬剤師養成コースは博士前期課程と博士後期課程から、医療薬学コースは博士前期課程からなっています。それぞれに薬品物性学分野、医薬品化学分野、医薬資源学分野、生体機能薬学分野、薬効解析学分野、衛生薬学分野、医療薬学分野の各専門分野を設置しています。
