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生物工学専攻は、生物工学科と遺伝子工学科の二つの学科から構成されている。
生物工学科は植物分野の研究を中心として、細胞工学、食品保全工学、植物資源工学、生物機能物質工学、分子生物工学、生物生産工学、動物資源工学、環境生物工学の各研究室がある。
これらの研究室においては、植物細胞を培養による有用物質の生産、カット野菜の抗菌方法の開発、遺伝子改変によるイネの品種改良、植物の防御物質の機能解析、高圧を利用したタンパク質の立体構造の解析、園芸作物のバイオテクノロジー、動物栄養学、微生物を利用した環境モニタリング系の開発等の研究が行われている。
遺伝子工学科は動物分野の研究を中心として、発生遺伝子工学、遺伝子生化学、応用遺伝子工学、分子遺伝学の各研究室がある。
これらの研究室においては、希少動物の保護のための種の保存等の応用研究や生殖細胞の発生機構に関する基礎的研究、微生物が生産するタンパク質性殺虫剤の遺伝子の単離と応用、産業動物の遺伝的改良、無脊椎動物における硬組織の形成機構、癌源遺伝子Srcの研究等が行われている。遺伝子工学を駆使して社会に役立つ応用研究や様々な生物現象の分子レベルでの解明に貢献している。