生物理工学研究科は、生物工学専攻（博士課程前・後期）、電子システム情報工学専攻(博士課程前・後期)および機械制御工学専攻（修士課程）の３専攻から成り立つ。
生物工学専攻では、生物機能の原理を、工学的展望を視野に入れて解析し、基礎的研究と応用的研究が融合するような戦略的研究を展開することを使命としている。
電子システム情報工学専攻と機械制御工学専攻は、機械工学のテクノロジーに生体がもつ柔軟で環境適応に優れた機能を取り入れ、人類にとって有益なディバイスを構築することを目指している。生体の機能を模倣し、工学的に発展させることからさらに発展し、新たな教育・研究領域の開発に向けて前進している。
生物工学専攻を核として、平成14年度には「食資源動物分子工学研究拠点」として21世紀ＣＯＥプログラムが採択された。また、平成19年度には「大学院教育改革プログラム」が採択され、大学院での研究と教育の推進に邁進している。
